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发布日期:2025-08-03 07:39  点击次数:90
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北京时刻2023年12月21日AG电子游戏,好意思国埃默里大学梁波团队在《Nature》上发表著作“Structures of the promoter-bound respiratory syncytial virus polymerase”。

该究诘通过冷冻电镜单颗粒技能初度解析了启动子联结的呼吸说念合胞病毒RNA团聚酶的高分辨率结构,在东说念主类历史上初度揭示了呼吸说念合胞病毒团聚酶的RNA合成肇始机制。了解RNA的合成肇始经由中RSV团聚酶与其RNA启动子之间的互相作用,关于瓦解RSV中RNA的合成机制以及拓荒针对RSV的抗病毒药物和养息要津至关遑急。

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呼吸说念合胞病毒(Respiratory Syncytial Virus,简称RSV)是一种高度传染性的东说念主类病原体。婴幼儿、老年东说念主、免疫系统受损的个体以及心肺疾病患者齐是RSV感染的高危东说念主群。RSV属于肺病毒科(Pneumoviridae)单负链病毒目(Mononegavirales),其基因组为单链负义RNA。RSV的RNA转录和复制由RSV的RNA依赖性RNA团聚酶(RNA-dependent RNA Polymerase,简称RdRP)转录和复制。RdRP由多功能团聚酶卵白(Large,简称L)和辅因子磷卵白(Phosphoprotein,简称P)构成。RSV团聚酶中L卵白由五个结构域构成:RNA依赖性RNA 团聚酶结构域(RdRp)、加帽结构域(Cap)、流畅结构域(CD)、甲基振荡酶结构域(MT)和C终端结构域(CTD)。而RSV团聚酶中P卵白不错分为N端结构域(PNTD)、寡聚化结构域(POD)和C端结构域(PCTD)(见图1a)。

RSV中RNA的合因素为肇始、延迟和拆伙三个阶段。在RSV的RNA合成肇始经由中,RSV团聚酶识别病毒RNA基因组和反基因组3'端的启动子序列,即Leader(Le)和Trailer Complementary(TrC)。之前的究诘标明,RSV团聚酶一个私有的特征是不错在启动子的两个不同的位置启动RNA合成:RNA的复制从启动子的第1位核苷酸启动合成;RNA的转录从Le启动子的第3位核苷酸启动合成。体外酶活实际标明,RSV团聚酶在短Le和TrC模板上不错永诀在第1位和第3位核苷酸肇始RNA合成。由于败落RNA启动子联结的RSV团聚酶的原子分辨率结构,两个不同肇始位置的结构基础仍不了了。

作家通过体外酶活实际礼聘了10个核苷酸长度的Le和TrC启动子序列(简称Le10和TrC10)AG电子游戏,解析了RSV团聚酶(L-P复合物)永诀与来自病毒RNA基因组和反基因组3'端启动子Le10和TrC10的高分辨率冷冻电镜结构。RNA启动子联结的团聚酶结构中,卵白结构与apo-form的RSV团聚酶结构十分雷同,其中RdRp和Cap结构域酿成一个碗状结构,而RNA合成的活性口袋位于碗状结构的中间位置(见图1b)。Cap结构域中的priming loop已经远隔RdRp结构域中的活性位点,暴露该结构为pre-initiation的情景。不同的是,RSV团聚酶L卵白RdRp结构域中的supporting helix在莫得RNA联结时是柔性的并不可被3D重构,而在两个启动子联结的团聚酶电镜结构中,supporting helix不错被了了的重构,标明RNA启动子的联结会导致RSV团聚酶的结构的构象变化,使supporting helix的结构更褂讪。

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图1:RSV团聚酶的结构示意图和两种pre-initiation情景结构的相比

I级暴露者一般无感染风险,清洗暴露部位即可,无需进行医学处置。Ⅱ级暴露者存在轻度感染风险,应处置伤口并接种狂犬病疫苗。确认为Ⅱ级暴露且严重免疫功能低下者,或者Ⅱ级暴露者其伤口位于头面部且不能确定致伤动物健康状况时,按照Ⅲ级暴露者处置。Ⅲ级暴露者存在重度感染风险,应处置伤口并注射狂犬病被动免疫制剂和接种狂犬病疫苗。

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结构分析线路启动子Le10与RSV团聚酶的复合物中,在团聚酶的活性口袋中有4个核苷酸残基,第5-10位核苷酸残基位于模板参加通说念(template entrance channel)中,催化位点氨基酸D811正对着第3位和第4位核苷酸残基,暴露该结构为启动子第3位核苷酸肇始RNA合成的pre-initiation情景;而在启动子TrC10与RSV团聚酶的复合物中,在团聚酶的活性口袋中只须2个核苷酸残基,第3-8位核苷酸残基位于模板参加通说念中,催化位点氨基酸D811正对着第1位和第2位核苷酸残基,暴露该结构为启动子第1位核苷酸肇始RNA合成的pre-initiation情景(图2)。两个结构中,+1催化位点对应的模板RNA上的核苷酸残基均为鸟苷酸(G)。G的碱基与团聚酶L卵白的氨基酸残基K619,F629以及E778之间有互相作用。其中,G碱基上的氧(O6)与氨基酸残基K619侧链上的氮(NZ)有氢键互相作用,而G碱基上的氮(N2)与氨基酸残基E778侧链上的氧(OE1)有氢键互相作用。这个发现证据了为什么RSV团聚酶在肇始RNA合成时,+1催化位点对应的模板RNA核苷酸需要为G。G碱基还与氨基酸残基F629之间有π-π互相作用。这些谬误氨基酸残基在单负链病毒缱绻病毒RNA团聚酶齐尽头保守(见图1c)。

图2:RSV团聚酶R(L-P复合物)永诀与来自病毒RNA基因组和反基因组3'端启动子Le10和TrC10复合物的结构示意图AG电子游戏

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此外,作家还发现时两个启动子联结结构中,RNA结构在+2和+5催化位点处会翻转约180°,对应与Le10序列中的第5位和第8位以及TrC10序列中的第3位和第6位,之后在+6和+7催化位点处会链接翻转约90°。之前的究诘着力线路启动子序列的第3,5,8位核苷酸残基突变后,RNA团聚酶对该模板的活性会明白裁汰;同期Le10的5-10位以及TrC10的3-8位核苷酸残基均为嘧啶(U大概C)且处于模板参加通说念中,当这些核苷酸的碱基突变为嘌呤碱基时,RNA团聚酶对该模板的活性明白小于其突变为嘧啶碱基。联结结构分析,作家忖度在RSV团聚酶识别RNA启动子时,倾向于联结模板参加通说念中为较小的嘧啶碱基(U大概C)的启动子序列,稀奇是翻转180°的启动子第3,5,8位核苷酸残基(见图2b和2d)。

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图3:不同单负链病毒缱绻病毒RNA团聚酶的结构相比

在与其他单负链病毒缱绻病毒RNA团聚酶的结构(包括HMPV、VSV、RABV、PIV5、EBOV 和NDV)进行相比时发现,它们的合座结构十分雷同,主要区别在于supporting helix和priming loop的构象。举例,在EBOV团聚酶中,RdRp结构域中的supporting helix距离活性中心更远。在VSV和RABV的L卵白结构中,Cap结构域中的priming loop插入催化活性口袋,并长入RdRp结构域的催化活性氨基酸残基D811,而在RSV、HMPV、EBOV、NDV和PIV5的L卵白结构中,该priming loop远隔催化活性氨基酸残基D811,而缩回Cap结构域中,这种各别标明它们处于RNA合成的不同阶段。情理情理的时,在PIV5和NDV的L卵白结构中,包含Cap结构域催化活性氨基酸残基的intrusion loop会长入RdRp结构域的活性中心,而不是priming loop。为了更好地瓦解RSV团聚酶RNA合成肇始的机制,作家在RNA模板和RdRp结构域活性氨基酸D811中间的-1和+1催化位点处模拟了RNA居品的前两个核苷酸残基并与VSV和RABV团聚酶中的priming loop进行结构比对,发现priming loop上忖度的priming氨基酸W的侧链吲哚基团与催化位点-1处RNA居品的第1个核苷酸的碱基平行,可能酿成π-π互相作用(见图3)。

总而言之,该究诘初度解析了RNA团聚酶与启动子RNA的复合物结构,证据了RSV中两种RNA合成肇始的分子机制,为RSV的抗病毒药物研发提供了新的靶点和结构守旧,同期也为其他单负链病毒缱绻病毒RNA团聚酶的RNA合成机制究诘奠定了表面基础。

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著作通信作家为梁波博士,本科毕业于中国科学技能大学,从好意思国佛罗里达州立大学获取博士学位,之后在哈佛医学院进行博士后究诘,现为埃默里大学副老师。

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著作第一作家曹冬冬博士,埃默里大学梁波团队助理科学家,本科毕业于中国科学技能大学,并于中国科学技能大学获取博士学位。

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梁波实际室究诘兴致包括通过冷冻电镜和晶体学的详细要津究诘生物大分子的结构和机制,单负链RNA病毒的RNA合成机制和神经生物学疾病酌量卵白质的折叠机理。团队现时正在招聘博士后,迎接感兴致的学生酌量。

起原:人命科学前沿

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